动物源性传染病安徽省重点实验室（Anhui Province Key Laboratory of zoonoses），原名为病原生物学安徽省重点实验室，于2008年11月经安徽省科技厅批复建设，并于2014年、2017年和2021年通过了科技厅组织的已验收省重点实验室的考核评估。根据《安徽省级实验室体系重组行动实施方案（试行）》的要求，于2023年12月通过实验室重组，并更名为动物源性传染病安徽省重点实验室，现任实验室主任为余莉教授。

人畜共患病安徽高校省级重点实验室（Anhui Key Laboratory of Zoonoses，Anhui Medical University）成立于2007年，是安徽医科大学联合安徽农业大学共同申报并立项建设的教育厅重点实验室，现任实验室主任为都建教授。

实验室现有固定研究人员43人，主要从事包括人兽共患病在内的动物源性传染病有关的病原学的研究，例如寄生虫、细菌等生物学特性、致病机制、疾病诊断、疫苗研发、流行病学与对策，以及某些临床研究等。实验室立项建设以来，实行开放、联合、竞争、流动的运行原则，在传染病病原学，尤其在人兽共患病的病原学及其临床相关的研究取得了丰硕成果，同时也逐渐成为我校各类基金课题研究和人才培养的高地，先后获得并完成了国家“973”计划课题一项、国家“863”计划课题一项、国家自然科学基金课题15项，以及教育部博士点基金项目、霍英东基金项目、省自然科学基金项目，以及依托项目申报的省科技厅实验室建设课题多项；发表SCI论文100余篇；获得授权国家发明专利6项，主编、副主编和作为编委编写国家规划本科教材6部；科技专著4部。获安徽省自然科学奖二等奖1项，中华医学科技奖三等奖1项。